En 1.871 un hermano llamado Teodoro Calvo junto con su esposa abren las puertas de su domicilio en la calle López de Hoyos, 118, para tener cultos evangélicos. Cuando murieron, sus hijos siguieron la labor evangelizadora en 1.915, con el apoyo de la Misión Bautista y de Teófilo Vickman. En 1.915 se abre la 2ª Iglesia Bautista en la calle Guindalera, la cual se traslada por algunas dificultades, a la finca de la familia Calvo, que estaba en López de Hoyos. Esta hermana abre allí mismo un colegio evangélico. El enfoque misionero de esta iglesia es importante y pronto se abren locales en Ventas, Cuantro Caminos, Calle Ayala, Puente de Segovia y Puente de Vallecas.

En este tiempo se emprende una campaña contra los evangélicos y en 1.919 se cierran todos los locales de Madrid, excepto Lavapiés y Prosperidad (López de Hoyos). La Misión Bautista que apoya la labor evangelizadora en Madrid, decide que no es conveniente mantener abierto el local de Prosperidad y en 1.930 determinan cerrarlo. Los hermanos de esta congregación no aceptan esta determinación y bajo una declaración de principios se pronuncian como independientes, siendo atendidos por diferentes estudiantes de teología, y por pastores de diferentes iglesias. Fue conocida como "la iglesia de los pastores" (en la predicación más de 20 pastores colaboraron con en esta iglesia, en aquel tiempo).

En 1.956 la iglesia decide reincorporarse a una organización bautista, esta es la ya constituida Unión Evangélica Bautista Española. En 1.967 empiezan las obras del nuevo templo que es el actual (Iglesia de Buen Pastor) , en la Plaza Getafe, 1 (Bº Prosperidad). Los pastores que se dedicarían a la pastoración de esta iglesia y que marcarían también una estabilidad y desarrollo en la misma serían: José Núñez, José Borrás (interino), Roberto Crider (interino) y, Julio Díaz Piñeiro, y en la actualidad Juan Manuel Quero. El misionero Ricardo Lane, parte de la Misión Bautista de España (Internacional Mision Board), estuvo trabajando específicamente con los jóvenes, dando un impulso en las actividades y consolidación de este grupo, durante los pastorados de Roberto y Julio.

En este tiempo esta iglesia tiene una congregación en Tres Cantos que se inició oficialmente (ya llevaba un tiempo congregándose) el 11 de Noviembre de 1.993 con unas hermanas menonitas que se congregaban en la calle Iglesia, lugar donde comenzó la obra con otros hermanos de Buen Pastor que residían allí. En enero de 1.997 se trasladó a Sector Oficios, 40 y a final del 2.000 al número 24 del mismo Sector, lugar donde se reúnen ahora. Actualmente el ayuntamiento les ha cedido un terreno para edificar su propio templo. Nuestra iglesia también apoya los puntos de misión de Pinto y de Vitoria.